Microsoft скоро сделает поддержку SSH в виндах нативно... А пока - xshell или bitvise. Кстати, в своё время писал
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся как альтернативе putty. Удобен тем, что не надо использовать winscp, если нужен доступ к файловой системе, всё включено.
Но всё же, удобней путти под винды ничего нету. Xshell тот вообще некорректно обрабатывает комбинации клавиш bash, в putty с этим всё нормально. Хотя, у меня все коллеги на xshell сидят, не жалуются. Видимо, потому что непривыкшие к нормальной работе с хоткеями. Сам то я из под никсов работаю.