Я с этой бедой воевал очень долго, в итоге перерыл весь форум на csvimproved, решения так и не нашел, зато нашел следующее - функция удаления чего-либо в CSVI 4 Free отсутствует, она есть только в Pro версии. Они же хитруганы, функция очень нужная, на самом деле, поэтому и сунули в платную версию только.
А удаляться конкретно в custom fileds при импорте новых custom fileds она не будет - ведь это добавление настраиваемых полей, а не замена. Компонент считает их новыми, так зачем удалять старые...
Соответственно, я сделал вывод, что это специально так и задумано, что не удалишь ты старые значения.
Мне пришлось руками все удалять.