может он сравнивает md5 хеш файла перед обновлением? можно попробовать его подменить, где то в пхп скриптах они прописаны
на руборде об этом так сказано:
Как поправить checksum.php для прохождения проверки:
Проверка системы ни на что не влияет. Это так, админу на заметку, и больше нигде эти результаты не юзаются. Ну если сильно мешает это дело, поправьте файл '/include/checksum.php'. Ищем код:
'include/snoopy.class.php'=>array(
и пишем там актуальные размер и md5-хэш этого файла, вместо старых. Хэш можно посчитать прогой HashTab, в свойствах файла новая вкладка появится, в её настройках ставим галку "Значения контрольных сумм в нижнем регистре".
Все проверки будут проходить, даже расширенные.
Впрочем, это действует до первого апдейта, как и сам кряк).