Сорри, пропустил "не". Прочитал как "сделанные через custom.js и costom.css тоже упали"Так я и пишу что то что сделано в этих файлах всё на месте.
А вот правки например в product.tpl упали
Ну все правильно, вы же вносили изменения в файлы шаблона, при апдейте они были затерты на новые.
Чтобы этого не происходило почитайте что такое "Child theme" и как с ней работать. Это спасет от подобных ситуаций.
Для просмотра ссылки Войди
Для просмотра ссылки Войди