Именно, для больших и прибыльных магазинов лучше иметь в технической поддержке людей от производителя, которые имеют гораздо больший опыт в эксплуатации и могут сделать звонок разработчикам, которых тоже много - кто-то по базам, другие по интерфейсу, третий по API, чем любой сертифицированный программист, что уж там говорить о самоучках. То же касается коммерческой версии Percona. И самая большая разница: программист - он же разработчик он разрабатывает модули, а эксплуатация системы - совсем не задача программиста, у программиста не хватает квалификации в настройке операционной системы, базы данных, средств мониторинга системы и точной настройке всех подсистем. Я общался на одной тусовке с ребятами из Киевского офиса Magento, занимающимися поддержкой, очень толковые и с очень большим опытом.
Для стартапов, получивших финансирование - не опасно, на деньги инвесторов лучше построить сразу надежную и масштабируемую систему, а вот если только на свои - то конечно риск. Я недавно нашел презентацию на slideshare как AngryBirds разворачивали свою инфраструктуру для переваривания большого трафика, разве обычный разработчик сам справится с созданием такой инфраструктурой с нуля. Годик придется покопаться, а год в большом бизнесе - это деньги, очень много денег.