Да действительно, стоит такой тег, его конечно же легко оттуда убрать, но это крайне нежелательно. Раньше по - моему - в первых версиях движка такой тег там не стоял, что провоцировало ряд проблем с поисковыми механизмами. Следует понимать, что количество страниц, которые будут генерироваться пользовательскими фильтрами может достигать до нескольких десятков тысяч, прошу заметить, с одним и тем же контентом, но разными адресами.
Фильтры - функция полезная исключительно для пользователя - ему становится удобнее искать то, что нужно, но для сео - совсем уж не хорошо, поэтому все правильно - большинство владельцев магазинов или их лиц их продвигающих соглавсны с такой настройкой для роботов. Если вы не согласны, можете найти темплейт, который отвечает за вывод страниц фильтров и просто косануть или поменять на то, что нужно, но не думаю, что это хорошо.