1. Разница в регистре расширения. Например можно написать shell.php, а можно shell.pHp
Всё зависит от настроек сервера.
Тоже самое в скуле, когда фильтруют операторы, обходят например тоже играя с регистром- UniOn
2. Пишу здесь, так как пока здесь с телефона и инет хреново работает. Я просил прислать логи сервера, нужны не сегодняшние, а за пару-тройку дней когда обнаружил взлом. Если не можешь сам, тогда скажи хостеру, и он подготовит. По другому никак.
Из тех логов что я сегодня увидел- раньше стояла Джумла и там был минимум один уязвимый компонент(галерея), удалил недавно, так как переходы ещё есть.
Сразу совет- на корневые каталоги выставляй права с запретом записи, а на папки с картинками - запрет на исполнение.