если используешь формат видео flv или f4v, то Adobe Media Encoder тебе поможет.Люди подскажите какоую-нибудь не сложную тулзу что бы на видео в swf можно было водный знак налаживать?
Если импортируешь видео во флеш, то просто слой сверху поставь над плееров (во флеше)