roundcube хранит в файлах.
ТСу -- если письма будут храниться в одном файле, и будет там писем 2к-3к на 10Гб -- представьте, с какой скоростью/нагрузкой будет открываться этот "комок"... по-моему, это плохой вариант, поэтому предполагаю, что так не делают почтовые клиенты. так что тут наверное нужно искать именно в сторону БД...