Ну это вообще не проблема. Говорите по порядку, что и как делаете. Или пишите в личку решим Ваш вопрос!
		
		
	 
В nginx создаю следующего образца конфиги
	
	
		
			
				Скрытое содержимое доступно для зарегистрированных пользователей!
			
		
		
	 
и создаю конфиг второго магазина
	
	
		
			
				Скрытое содержимое доступно для зарегистрированных пользователей!
			
		
		
	 
В apache так же создаю 2 конфига
	
	
		
			
				Скрытое содержимое доступно для зарегистрированных пользователей!
			
		
		
	 
Во втором конфиге вместо shop.top везде проставил new.shop.top
В папку /var/www/
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся ложу файлы сайта и устанавливаю
После создаю симлинк ln -s /var/www/
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся /var/www/
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся
В DNS прописываю А запись на домене и поддомене белый IP своего сервера
стандартный файл конфига меняю на
	
	
		
			
				Скрытое содержимое доступно для зарегистрированных пользователей!
			
		
		
	 
Ну и в конце данные для подключения к БД
Всё .. при открытии каждой ссылки открывается сайт .. пол дела сделано
захожу в админку -- настройки -- добавить магазин -- вношу всю нужную информацию ... в URL нового магазина указываю 
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся -- ну как бы всё норм )))
Захожу в товар (стандартный) во вкладке "Связи" в графе "Магазины" указываю отображение товара в новом магазине и с основного убираю. проверяю в поиске одного и другого магазину - данный товар не находит.
P.S. так же пробовал разворачивать магазин не создавая симлинка , а просто в папке 
Для просмотра ссылки Войди или Зарегистрируйся, ну и соответственно указывая данные БД основного магазина. та же беда (((