Сначала проинспектируйте весь код в браузере, а потом делайте полный рефакторинг кода, где есть упоминание об OkayCMS(css, js и т.п). Проблема состоит в том, что после рефакторинга вам трудно будет вручную поддерживать и обновлять CMS. Так что не занимайтесь ерундой. Когда сайт выйдет в топ 5-10 запросов поисковой системы, вас всеравно смогут вычислить.Как правильно зануллить третью версию, чтобы не смогли определить, что это OkayCMS? В названиях некоторых файлов и в самих файлах есть упоминания OkayCMS, okay_shop, okay и т. п.