Я бы не сильно много внимания обращал на этих попугаев от гугла, а оптимизировал сам движок и окружение на сервере - добиться минимальной времени загрузки сайта, это положительно отразится на поведенчиском факторе. Если есть возможность, то используйте NGINX c php-fpm и ngx_pagespeed, с настройкой кеширования в браузере. Также для MySQL можно вынести временную папку в память - tmpfs. Тут нужен комплексный подход.
Javascript в заголовке - это особенности JQuery, сама библиотека должна быть подключена сверху страницы (, т.к. модули внутри HTML могут его использовать.
