Шифрует энкодер.Да фиг знает, я пробовал декодер для php 5.3 версии - итог нулевой. Мне один человек сказал что нужно более новый искать. Я не знаю почему, думаю дело в самом кодировщике, который как-раз и шифрует под php 5.4
В качестве декодера выступает лоадер от айонкуба (библиотека для PHP). Вот она и зависит от версии интерпретатора.
Сторонний декодер - декодирует именно ИСХОДНЫЙ ТЕКСТ. А ему пофиг какая версия PHP. Главное чтобы версия IonCube подходила.