Счётчик должен появится как код в самом html. Зайдите на свой сайт, нажмите Ctrl+U и посмотрите.
Обычно их вставляют руками как написал человек выше. Чем важнее для вас статистика посещаемости тем ближе к началу кода. Но при этом надо понимать что счётчик тормозит загрузку страницы. Поэтому, если его вставить сразу после начала body то статистика будет точнее, но грузится будет вначале счётчик, а потом сама страница, на слабых компьютерах, таких как ебуки, это будет раздражать посетителей. А если вставить счётчик в самом конце, то наоборот, он будет грузится последним, вы выиграете в скорости загрузки страницы, но проиграетее в точности статистики. В общем, делают кто как, кто-то ставит его в начале, кто-то в конце, кто-то в середине страницы.
