боты если рут выключен то не страшно, они же не знают какой логин брутить, так что особо и не напрягает, смените порт да и все, можно конечно отключить парольную авторизацию и подключаться с помощью сертификатов, или knock использовать, только по правде говоря не вижу особого смысла в этом - сильный пароль+ порт сменить+выключенный рут, считаю что этого достаточно.