А что со структурой?. как у вас всё в админке расположенно?
Не очень понимаю суть вопроса.
Если структура движка сайта — то:
.htaccess — управляет ЧПУ.
Ядро (у меня это core.php) — подключение библиотек, модулей и классов, выбор главного модуля и рендеринг результата.
Обработчик ЧПУ и части запросов GET, POST, COOKIES — выведен в отдельный файл, т.к. для каждого сайта индивидуален.
Библиотеки и классы — подключаются, инициализируются по—необходимости и вызываются модулями.
Модули (делятся на модули тэгов и модули контента) — отвечают за суть работы разделов сайта. Модули тэгов отвечают за второстепенные тэги в шаблонах (например, {title}, {year}). Модули контента отвечают за главный контент конкретного раздела сайта.
Шаблоны дизайна — отдельно лежат себе в .html, .css, .jpg, .png, .gif и .js файлах и ждут, когда их подключат модули.
БД —я использую MySQL. К ней цепляется один из классов. Потом его экземпляр пользуют модули.
Вроде ничего не забыл. Вот так оно в связке всё и работает. При разработке как правило не делю админские и пользовательские модули, т.к. стараюсь совместить админский функционал в пользовательском интерфейсе.
А структура сайта зависит от самого сайта. Сайты же все разные.
В том то и прелесть, что как захочется, так и рисую карту сайта.
Вот, например, сайты на моём движке:
Как несложно понять, структура сайта значения не имеет.