<?
//тут будут файлы
$files = 'files/';
//тут будут каталоги
$folders = 'folders/';
//массив каталогов
$fo = array();
foreach (glob($folders."*", GLOB_ONLYDIR) as $folder) {
$fo[] = $folder;
}
$i = 0;
//цикл по файлам
foreach (glob($files."*") as $file) {
//название файла
$file = preg_replace("#^$files#", '', $file);
//копируем файл в каталог из массива по очереди
copy($files.$file, $fo[$i].'/'.$file);
//если надо удалить файлы то
unlink($files.$file);
//счётчик для массива каталогов
$i++;
}