<?
$fn = '/usr/home/pupkin/random_file.txt';
$reg_array = file($fn); // прочитали файл в массив
srand((double)microtime() * 1000000); // готовим генератор случайных чисел для shuffle
shuffle($reg_array); // перетряхиваем массив случайным образом
$fp = @fopen($fn, 'w') or die("Не могу открыть файл $fn"); // открываем файл заново, чтобы писать в него с самого начала файла
fputs($fp, implode("", $reg_array)); // записываем массив, в котором строки уже перетасованы случайным образом
@fclose($fn);
?>