У меня первые мысли которые возникают это: взлом - кто-то подправил тебе конфиги базы, где-то на одном порту висит вирусняк, глюкнул винт - глюкнули базы, исполняющие файлы.
Все это надо проверять. Я например зашел бы через шел (mc) и скопировал(перенес) бы файлы базы в другое место(/var/mysql/data) и проверил запуститься ли база, просмотрел отрытые порты с выключенной базой, поставил дефолные настройки базы, ну а если ничего не помогло - переустановка оной или перенос всего проекта на локальный комп и переустановка вдс (клинический случай, но при битой системе, единственной что может помочь). Как видишь вариантов может быть куча.
тут уже не с ботами проблема. Если что стучись в асю, подскажу, ты случайно не на firsvds?